Van Gogh Nationaal Park is bijzonder rijk aan overgangen tussen hoog en laag, nat en droog, rijk en arm, zand en veen. Dat maakt de natuur in het gebied bijzonder veelzijdig en rijk. De beekdalen verbinden de verschillende soorten landschapstypen ieder met rijke flora en fauna.
De grootste en hoogste dekzandruggen waren vaak te arm voor de landbouw. Hier lagen lange tijd de ‘woeste gronden’, met (natte) heide, bos of stuifzand. In de tijd van Van Gogh werd op verschillende plekken begonnen met de ontginning van deze gebieden, vaak als bosbouwperceel. Vanaf het begin van de twintigste eeuw werden deze gebieden steeds vaker aangekocht en beschermd als natuurmonument. De Loonse en Drunense Duinen, de Oisterwijkse Vennen en Bossen en de Oirschotse Heide liggen stuk voor stuk op dat soort hoge dekzandruggen.
De natte gebieden tussen zandruggen waren vooral in gebruik als grasland of nat bos. Ze werden ook wel ‘broekgebieden’ genoemd als ze uitgestrekt waren. Van Gogh Nationaal Park bestaat voor een groot deel uit deze van oorsprong zeer natte gebieden. Het Moergestels Broek is een voorbeeld. Het behoort tegenwoordig tot de waardevolste weidevogelgebieden van Brabant. Daar waar de zandgrond van hoog-Brabant overgaat in de klei van het rivierengebied van de Maas en de zeekleipolders van West-Brabant liggen ook broekgebieden. Deze zone van Grave tot Bergen op Zoom bevat onder meer Het Bossche Broek en de Ettense en Haagse Beemden.
Een groot deel van het landschap in het oostelijke gebied van Van Gogh NP heeft een dichte, slecht doorlaatbare leemlaag in de ondergrond: Brabants Leem . De bovengrond is erg nat en rijk. Hier ontstonden de natte leembossen, uniek voor Nederland. En ook het kenmerkende populierenlandschap. Voorbeelden van dit landschap zijn De Scheeken en De Mortelen.
De stromende beken verbinden van oudsher de verschillende natuurgebieden en landschapszones. Op verschillende plekken is het oude karakter van het bekenlandschap te beleven, bijvoorbeeld in verschillende landgoederenzones of in gebieden waar geen ruilverkavelingen zijn geweest en de beken niet recht zijn getrokken. Op die plekken herbergen de beekdalen historische en ecologische waarden, met hun weiden en hooilanden, de zogenaamde beemden. De dynamiek van het stromende water zorgt voor bijzondere beeknatuur. Mooie voorbeelden van het oude bekenlandschap zijn te vinden in de landgoederenzone van de Chaamse Beken en in het Dommeldal.
Tussen 1250 en 1750 vonden ten westen van Zundert grootschalige hoogveenafgravingen plaats voor de turfwinning. Er werden turfvaarten aangelegd. Na de turfwinning ontstonden grote heidevelden met op de nattere delen vennen en broekbossen. Deze gronden waren goedkoop en vanaf begin zeventiende eeuw werden er landgoederen aangelegd, zoals Vrede Oord en Den Anker, De Moeren, Oude en Nieuwe Heihoef, de Pannenhoef, de Oude Buisse Hoeve en Wallsteijn. Zo ontstond een langgerekt landgoederen- en boslandschap. Begin 21ste eeuw zijn veel nieuwe gronden aangekocht voor natuurontwikkeling. Zo is een aaneengesloten landschap ontstaan van heide, vennen, bossen, hooilanden en kruidenrijke akkers, van in totaal meer dan 1.400 hectare. Dit is het leefgebied van de heikikker, kamsalamander, gladde slang, zwarte specht en boommarter. In het gebied groeit ook klokjesgentiaan, beenbreek, moeraskartelblad, heidekartelblad en drijvende waterweegbree.
De Loonse en Drunense Duinen waren tot in de Middeleeuwen grotendeels met bos bedekt. Ontginning leidde tot het ontstaan van uitgestrekte heidevelden waar geplagd, gebrand en (met schapen) beweid werd. Door overexploitatie en wind raakten grote oppervlakten van het gebied door stuivend zand bedekt. Tegenwoordig is het een van de grootste resterende nog levende stuifzanden van Europa. Het wordt omringd door uitgestrekte naald- en eikenbossen. Een opmerkelijk fenomeen zijn de vele opgestoven heuvels met oude eikenstrubben, forten genaamd. Aan de zuidkant gaat dit droge en voedselarme gebied over naar De Brand, een laaggelegen, nat en voedselrijk beekdal met moerasbegroeiingen en bossen. Enkele kilometers verderop liggen De Leemkuilen omgeven door moerasbos. De Brand en De Leemkuilen zijn rijk aan amfibieën, waaronder Kamsalamander en Boomkikker. Het gehele gebied is aangewezen als Natura-2000 gebied. Het natuurgebied Loonse en Drunense Duinen is in 2002 aangewezen als Nationaal Park.
Het Vlijmens Ven, de Moerputten en het Bossche Broek vormen samen één gebied ten zuidwesten van ‘s-Hertogenbosch. Het is aangewezen als Natura-2000 gebied. Het gebied ligt op de plek waar het beekdal van de Dommel overgaat in het laagveengebied van de ‘Naad van Brabant’. Dit is een smalle overgangszone tussen de hogere zand- gronden van de Kempen en het riviergebied van de Maas. Dankzij de overgang van voedselarm zand naar voedselrijk rivierklei, plaatselijk vermengd met veen, en de menging van verschillende soorten grond- en oppervlaktewater, kent dit gebied een rijke flora en fauna. Er zijn bijzondere water-, moeras- en graslandvegetaties aanwezig. Het Bossche Broek ligt direct tegen het middeleeuwse centrum van ’s-Hertogenbosch aan. Nergens in Nederland ligt een natuurgebied zo dicht bij het centrum van een stad.
De Kampina en de Oisterwijkse vennen en bossen vormen samen een voorbeeld van het licht glooiende Brabants dekzandlandschap, met paraboolduinen, bossen, vennen, droge en vochtige heide- vegetaties, akkertjes, en overgangen naar schraalgraslanden in beekdalen. Het is een Natura-2000 gebied. Tijdens de grootschalige ontginningen in de afgelopen eeuw zijn veel vennen verdwenen, maar op de Kampina en in de Oisterwijkse Bossen en Vennen zijn meer dan 100 vennen bewaard gebleven. Een groot deel van de Kampina heeft nog een open heidekarakter. Het is een van de weinige gebieden die herinnert aan de uitgestrekte heidevelden uit de tijd van Van Gogh. Ook is het een van de weinige ongerepte natuurpanorama’s van Brabant. Het best bewaarde voorbeeld van een bekenlandschap vormt Smalbroeken langs de Beerze.
Een groot deel van het landschap in het centrale deel wordt bepaald door een dichte, slecht doorlaatbare leemlaag in de ondergrond, Brabants Leem genaamd. De bovengrond is van oudsher erg nat en van nature aanzienlijk rijker dan de arme zandgronden. Hier ontstond een kenmerkend landschap van natte leembossen, dat uniek is voor Nederland, evenals het kenmerkende populierenlandschap, met zijn ‘verkamerde’ coulissen. De Mortelen en De Scheeken vormen samen het grootste landschapsreservaat van Noord-Brabant. De Mortelen is het gaafst bewaarde natuurrijke agrarische cultuurlandschap; in De Scheeken is het populierenlandschap van de Meierij op zijn mooist. Op verschillende plekken zijn oerboskruiden zoals eenbes en bosanemoon nog veelvuldig aanwezig. Ook zijn de leembossen rijk aan vogels, vlinders en slakken.
Ten zuiden van Breda strekt zich vanaf het Mastbos tot Alphen in het stroomgebied van de Mark al meer dan 500 jaar een zone uit die bestaat uit heide, bossen en vennen. De kern van dit natuurgebied wordt gevormd door oudere en jongere landgoederen in een goed bewaard gebleven cultuurlandschap. Opmerkelijk zijn de oude bosgebieden Mastbos, Liesbos en Ulvenhoutse Bosch (Natura-2000 gebied), die tot de oudste van Nederland behoren. In het gebied komen zeer zeldzame bosplantengemeenschappen voor, met onder meer witte rapunzel en knikkend nagelkruid. De bossen zijn vaak de brongebieden of bovenlopen van de beken, zoals de Chaamse beken. In de benedenlopen zijn vochtige hooilanden te vinden, met soorten als boomkikker, moeraskartelblad, waterviolier, moesdistel en knolsteenbreek. De Regte Heide en Riels Laag, aan de oostkant van het landgoederengebied, is ook een Natura-2000 gebied. Het is een golvende heidegebied met zijn voor Brabant spectaculaire hoogteverschillen.
